斯金納實驗系統的任務模式大部分建立在動物對獎賞渴望的心理因素上。進行任務前一周左右，先將動物進行饑餓處理，使動物體重控制在原有的85%-90%之間，以保證動物有動機去主動學習，完成任務。任務模式分為不同階段，可由淺入深，逐步讓動物學習。
一階段：讓動物學會如何獲得獎賞。在動機的驅使下，動物會本能的不停探索箱子內部。程序可以設置為感應到動物嘴巴靠近獎賞口時，機器自動給予一定時間或者體積的獎勵。一般三天之內，動物就可以熟練獲得獎勵（以規定時間內動物達成一定獎賞次數為標準）。
二階段：增加更多操作性行為，例如壓桿，觸屏等，使相應行為與獎賞聯系起來。例如實驗可以設計為屏幕隨機出現一個圖形。基于動物探索的本能，當重復之前的行為得不到獎賞后，動物會進一步探索，相較之前的箱體環境，圖形屬于新鮮元素，當動物觸摸圖形，以獎賞作為反饋激勵動物學習。實驗任務一般會在規定時間內，設置一定的trail次數，每次trail之間會設置隨機時間間隔，減少動物隨機行為對數據的干擾。依據不同實驗需求，可改變獎賞概率，任務難度等。逐步將需要付出的行為依比率增加，例如鼻觸次數，壓桿次數等。為激勵動物做出行為，可將獎賞也按照相應比率增加。
相較于常見的行為學系統，斯金納實驗系統實驗數據的評估方式更加豐富，訓練方式種類多，更有利于研究多個腦區之間的投射關系。除了依據實驗范式得到行為的判斷指標之外，通過全程的軟件數據記錄，可以分析動物任務表現中的注意力，動機等多種指標。
